單細胞RNA測序已成為一個非常常用成熟的實驗方法，幫助科學(xué)家們檢測稀有細胞群體、微生物多樣性和癌癥突變等。NanoCellect開發(fā)的WOLF細胞分選儀和N1單細胞分配器是一種新型的基于微流控的細胞分選儀，與多種RNA測序平臺兼容。在小于2 psi的壓力下，WOLF比傳統(tǒng)的細胞分選儀更溫和，使細胞在分選后更健康，RNA完整性更高。細胞分選過程中的低剪切應(yīng)力避免了傳統(tǒng)分選儀引起的潛在基因表達變化。此外，WOLF還擅長排除死細胞和碎片，因此，最大限度地提高了測序的數(shù)據(jù)質(zhì)量。此外，WOLF的微流控芯片是完全一次性的，樣品和鞘液接觸的一切都是無菌的，沒有樣品間的污染，從而能夠獲得更準(zhǔn)確的測序結(jié)果。此外，與細胞打印機和有限稀釋相比，WOLF具有更多樣的檢測參數(shù)，可提供更高的檢測效率和活/死鑒別率。
本文將展示W(wǎng)OLF在測序流程中的表現(xiàn)。 從血液中分離出 PBMC，然后將其分成兩個樣本：未分選的PBMC和WOLF分選的PBMC。
測序總結(jié)顯示，在未分選的樣品中捕獲了2256個細胞，在我們的WOLF分選樣品中捕獲到2038個細胞。與未分選樣本（456個基因）相比，我們在WOLF分類樣本（1101個基因）中檢測到的每個細胞的基因中位數(shù)是其兩倍多（下圖A）。此外，WOLF分選樣本中的總基因更多（下圖B）。每個細胞的基因中位數(shù)更高，檢測到的總基因更多，這都表明我們的WOLF分選樣本的文庫復(fù)雜性更高。我們還檢查了與細胞無關(guān)的讀取部分。相對于WOLF分選樣品，未分選樣品中的無細胞RNA污染量幾乎是其兩倍（下圖C）。這些結(jié)果表明，WOLF分選樣品中死細胞和污染減少。
通過Cell Ranger在我們的未分選和WOLF分選樣本上生成了T-distributed Stochastic Neighbor Embedding（T-SNE）圖。通過UMI計數(shù)著色的細胞的t-SNE投影顯示，與WOLF分選樣品相比，未分選樣品中每個細胞的低UMI計數(shù)細胞（藍點）明顯更多。具體來說，在我們的WOLF分選樣本中，每個細胞檢測到的UMI大約是其他細胞的3倍。這反映了在WOLF分選樣本中檢測到的每個細胞的RNA轉(zhuǎn)錄物數(shù)量更多（下圖A）。通過自動聚類著色的細胞的t-SNE投影在未分選的樣品中僅產(chǎn)生7個細胞簇。此外，在WOLF分選的樣本中，聚類更加明顯（下圖B）。這些結(jié)果進一步表明，在WOLF分選的樣品中，背景污染減少，測序深度更高。
測序結(jié)果的質(zhì)量直接取決于所制備樣品的質(zhì)量。WOLF細胞分選儀是一種非常可靠的樣品制備方法，可以分離靶細胞，同時去除死細胞、碎片和粘連細胞。在比較未分選和WOLF分選樣本的10x基因組測序結(jié)果時，WOLF顯著改善了測序結(jié)果。具體來說，文庫的復(fù)雜性和PBMC的讀取次數(shù)都得到了改善。
這些結(jié)果表明，WOLF與10x Genomics工作流程兼容，有利于獲得更高質(zhì)量的結(jié)果。總之，WOLF是一種有價值的工具，可以獲得最佳的測序結(jié)果，并且能夠幫助我們在同樣的成本下獲得更多、更有價值的數(shù)據(jù)。
