iPSC是非常脆弱敏感的細(xì)胞,傳統(tǒng)流式分選中的機(jī)械應(yīng)力會(huì)通過(guò)激活與細(xì)胞應(yīng)激或分化相關(guān)的基因掩蓋或改變scRNA-seq結(jié)果。因此,在分選細(xì)胞時(shí)盡量減少機(jī)械應(yīng)力是很重要的。此外,在cDNA產(chǎn)生和文庫(kù)制備之前減少死細(xì)胞和碎片,可以提高cDNA文庫(kù)的質(zhì)量。熒光激活細(xì)胞分選是用于富集特定細(xì)胞群同時(shí)避免死細(xì)胞和碎片的常用技術(shù)。然而,使用高壓噴嘴液滴分選的傳統(tǒng)細(xì)胞分選方法會(huì)對(duì)細(xì)胞產(chǎn)生機(jī)械剪切應(yīng)力;誘導(dǎo)基因表達(dá)變化和/或RNA降解。
精益生產(chǎn)是一種以減少浪費(fèi)和提高效率為核心的生產(chǎn)方式,通過(guò)優(yōu)化生產(chǎn)流程、減少庫(kù)存、提高產(chǎn)品質(zhì)量等措施,實(shí)現(xiàn)生產(chǎn)過(guò)程的節(jié)能、減排、提效。精益生產(chǎn)的應(yīng)用可以減少生產(chǎn)成本的浪費(fèi),提高生產(chǎn)效率和產(chǎn)品質(zhì)量,提高企業(yè)的競(jìng)爭(zhēng)力。
智能制造是一種基于數(shù)字化技術(shù)和智能化設(shè)備的生產(chǎn)方式,通過(guò)采用先進(jìn)的制造技術(shù)和設(shè)備,實(shí)現(xiàn)生產(chǎn)過(guò)程的自動(dòng)化、智能化和數(shù)字化。智能制造的應(yīng)用可以提高生產(chǎn)效率和產(chǎn)品質(zhì)量,減少人工成本的浪費(fèi),提高企業(yè)的競(jìng)爭(zhēng)力。
WOLF柔性單細(xì)胞分選儀是一種溫和的低壓(<2 psi)微流控細(xì)胞分選儀。使用低壓細(xì)胞分選儀可以降低細(xì)胞上的剪切應(yīng)力,從而使細(xì)胞更健康、更完整、活率更高,分選后的RNA完整性更高。WOLF還使用可拋棄式分選芯片,使樣品和鞘液接觸的所有東西都是無(wú)菌的,一次性的,并且不受樣品間污染。為了證明這種溫和的無(wú)菌細(xì)胞分選儀如何10x基因組學(xué)工作流程中的有時(shí),我們將未分選的iPSC樣品制備與在NanoCellect WOLF或BD FACSAria?II上分選的iPSC樣品進(jìn)行了比較。
下圖為兩種儀器的圈門(mén)流程,圈門(mén)的基本邏輯相同,而由下圖可知兩種儀器所圈的目標(biāo)細(xì)胞占比大致相同。


我們將有關(guān)樣品RNA和測(cè)序質(zhì)量的幾個(gè)關(guān)鍵指標(biāo)進(jìn)行了對(duì)比。WOLF分選的樣本“Median UMI Counts per Cell”比未分選的樣本(4668)增加了近7倍(32239),比BD FACSAria II分選的樣本(14949)增加了2倍(下圖A)。對(duì)于“Median Genes per Cell”觀察到類(lèi)似的結(jié)果,其中WOLF比未分選的細(xì)胞增加了3倍,而B(niǎo)D FACSAria II分選的樣品僅比未分選的細(xì)胞多2倍(下圖B)。這些結(jié)果表明,從樣品中去除碎片和死細(xì)胞后,文庫(kù)的復(fù)雜性更高。我們?cè)谒腥N情況下都發(fā)現(xiàn)了相似數(shù)量的“Total Genes Detected”(下圖C),這可能是由于采樣如此多細(xì)胞的上限效應(yīng)。最后,“%Reads Mapped to Transcriptome”顯示了唯一映射到特定基因的讀數(shù)的百分比。低百分比可能表明存在無(wú)法明確定位的片段化RNA。我們的結(jié)果顯示,分選后,Aria(65.8%)和WOLF(68.8%)中能夠映射到參考轉(zhuǎn)錄組的reads百分比有所提高(下圖D)。


該實(shí)驗(yàn)表明,在10x基因組學(xué)應(yīng)用程序的上游使用細(xì)胞分選儀可以提高文庫(kù)的復(fù)雜性。盡管在WOLF和Aria分選的樣本中,文庫(kù)的復(fù)雜性都得到了改善,但顯然WOLF的改善更為顯著,可以幫助我們獲得更多的數(shù)據(jù)。此外,即使這些結(jié)果表明檢測(cè)到的基因數(shù)量相似,但仍有較高的能夠映射到參考轉(zhuǎn)錄組的reads的百分比。這表明分選的樣品中污染較少,數(shù)據(jù)的可信度更高。
總之,這些結(jié)果表明,WOLF是一個(gè)功能完備的柔性細(xì)胞分選儀,是10x基因組學(xué)研究中的強(qiáng)大助力。

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