圖1評估TPT3:NAM堿基對的逆轉錄的實驗流程示意圖。帶有非天然核苷酸rTPT3或rNAM的RNA對具有不同的逆轉錄酶進行逆轉錄。用不同的方法分析了逆轉錄的加工性(請參閱上圖,逆時針):通過PAGE檢測全長與截短的cDNA比率,通過LC-MS和Sanger測序檢測LC-MS融合cDNA,使用switchSENSE®技術及模擬SELEX循環的動力學測量,以探索UB保留周期數。
特別的,在本研究中(見圖2)利用switchSENSE®技術及heliX+設備對逆轉錄過程進行實時監測,使得MMLV和SSIV RT與RNA模板的結合和活性的動力學得以表征。
本研究通過在switchSENSE®芯片上構建檢測體系,實現了對UBP摻入的動態量化測量。因此switchSENSE®是研究其他逆轉錄酶和聚合酶活性強有力的技術手段。
圖2 switchSENSE®生物芯片上的MMLV和SS IV RT活性測定流程示意圖。(A)芯片測試示意圖。首先,配體通過雜交固定在單個鏈錨定(1)。隨后,將RT與芯片核酸結合(2),然后注射dNTPS或DNTPS + dNaM TP以啟動逆轉錄(3)。最后,芯片被再生(4)。(B)在存在或不存在不同模板的dNaM TP的情況下,每個MMLV和SS IV RT的相對振幅,包括其標準偏差(N≥3),這些偏差來自延伸幅度的熒光變化。將48-1XRTPT3、48-2XRTPT3和24-NT RNA的值標準化為48-NT未修飾的RNA。(C)在結合階段,MMLV的熒光變化信號。(D)在不同dNTP濃度下逆轉錄(伸長)期間熒光變化的增加。(E)在底物濃度上繪制觀察到的速率以獲得催化速率圖 Kcat。

