這種噪聲源于光的量子性質(zhì)，導(dǎo)致到達探測器的光子數(shù)量隨機波動。如下圖所示，玻璃表面的反射會產(chǎn)生非常不均勻的圖像，這種不均勻性與鏡頭噪聲一起，成為噪聲信號的主要來源。此外，機械振動或漂移引起的背景波動也會影響數(shù)據(jù)質(zhì)量。

比率測量圖像中的特征來自與玻璃表面相互作用的單個分子。這些納米散射體比成像所用的波長小得多，因此用點散射函數(shù)（PSF）來表示。PSF描述了成像系統(tǒng)對點光源或點物體的響應(yīng)，取決于成像波長和物鏡的數(shù)值孔徑（NA）。波長越短、NA越大，設(shè)備的PSF就越小。因此，在同一儀器上測量的不同質(zhì)量的分子會顯示出形狀相同但強度不同的PSF（下圖）。例如，甲狀腺球蛋白比牛血清白蛋白（BSA）大十倍，因此其信號要強十倍。在1分鐘的采集過程中，可檢測到數(shù)百個此類事件，即使是復(fù)雜的樣品，也能提供質(zhì)量分布的直接信息（下圖）。

重要的是，每個散射光信號必需要很好地分離，否則擬合誤差會因PSF在時間和空間上的重疊而使結(jié)果模糊不清。因此，必須將樣品濃度保持在可進行單分子檢測的水平（通常小于100 nM），所以我們在使用MP測量分子質(zhì)量時只需要極少量的樣品。

質(zhì)量光度直方圖中出現(xiàn)的單個或多個峰值可使用高斯近似進行擬合，峰值中心顯示的分子質(zhì)量表示該組分的測量質(zhì)量。

由于上述所述的測量誤差，測量質(zhì)量可能會偏離預(yù)期質(zhì)量。并且不僅樣品測量本身存在誤差，校準測量中的誤差也會最終導(dǎo)致偏差。通常情況下，誤差低于預(yù)期質(zhì)量的5%。我們可以通過多次重復(fù)實驗，平均各次實驗的誤差來更好地估計校準誤差，從而提高準確性。下圖顯示了預(yù)期分子質(zhì)量與質(zhì)量光度測量結(jié)果的相關(guān)性。

精確檢測和量化PSF的能力主要取決于測量圖像中的噪聲水平。平均計算測量影片的幀數(shù)越多，每幅圖像收集到的光斑數(shù)量就越多，從而降低了測量圖像中由鏡頭噪聲引起的波動，就能夠檢測到更小的蛋白質(zhì)。幀數(shù)增加的缺點是降低了時間分辨率，可能需要調(diào)整蛋白質(zhì)濃度，以避免每張平均圖像檢測到結(jié)合粒子的PSF重疊。

下圖顯示了蛋白質(zhì)A（42 kDa）和AAV粒子（約3.7MDa）產(chǎn)生的信號，后者產(chǎn)生的信號幾乎是前者的數(shù)百倍，這反映了質(zhì)量光度法具有非常寬的檢測限。

分辨率表示多峰值直方圖中峰值的區(qū)分度，這一重要參數(shù)與單個峰的寬度直接相關(guān)，標準偏差通常為峰位的約10%。當(dāng)兩個峰中心之間的距離大于它們的半最大全寬（FWHM）之和時，就可以分辨出這兩個峰。如下圖顯示，在低質(zhì)量（66 kDa）的條件下，質(zhì)量光度法可分離出僅相差約25 kDa的兩個峰（BSA和蛋白質(zhì)A）。當(dāng)質(zhì)量較高時（甲狀腺球蛋白，670 kDa），由于甲狀腺球蛋白的FWHM較大（部分原因是樣品的糖基化程度較高），分辨率則將增加到約85 kDa。