當(dāng)前有多種技術(shù)可用于體外分子互作檢測(cè),每種技術(shù)都存在特定的優(yōu)勢(shì)和不足之處,因此,對(duì)于特定的分子互作檢測(cè),如何選擇更加合適的技術(shù),是廣大科研人員面臨的一種挑戰(zhàn)。目前諸多方法中,歸納起來(lái),可以分為微流控表面結(jié)合法(例如表面等離子共振技術(shù)(SPR)或switchSENSE技術(shù))或溶液中檢測(cè)法(比如等溫滴定熱分析(ITC)或微尺度熱泳分析(MST))。溶液中檢測(cè)法在樣本制備方面存在優(yōu)勢(shì),同時(shí)不需要分子固定步驟,操作上更加簡(jiǎn)便;而以分子固定為基礎(chǔ)的方法,對(duì)樣本的需求量較少,能夠提供底物分子與配體分子解離方面的信息。本文主要是針對(duì)switchSENCE技術(shù)的介紹及標(biāo)準(zhǔn)操作流程手冊(cè)(SOP)中關(guān)于核心耗材芯片操作部分介紹,目的是指導(dǎo)儀器操作者深入了解及更加熟練準(zhǔn)確的使用該技術(shù)。本文內(nèi)容涉及配體偶聯(lián),芯片介紹及操作。通過(guò)對(duì)該過(guò)程的了解,可以幫助科研人員評(píng)估switchSENCE技術(shù)是否適用于當(dāng)前的應(yīng)用。switchSENSE技術(shù)優(yōu)勢(shì)體現(xiàn)在微流控芯片上,實(shí)現(xiàn)以DNA為基礎(chǔ)的可控的配體分布,允許同時(shí)固定兩種不同的配體分子,并可調(diào)節(jié)兩種配體分子的固定比例,實(shí)現(xiàn)研究項(xiàng)目的特定需求。該技術(shù)可實(shí)現(xiàn)多種參數(shù)的表征,比如結(jié)合動(dòng)力學(xué),親和性,酶活性檢測(cè)以及蛋白構(gòu)象變化檢測(cè)。
背景介紹
本文關(guān)于switchSENSE技術(shù)的SOP,其內(nèi)容包括整體SOP的一部分,涉及配體-DNA分子偶聯(lián)原理,芯片處理和操作建議,switchSENSE技術(shù)測(cè)量的模式。switchSENSE技術(shù)的核心為固定在微流控芯片上的DNA納米桿(一段短的DNA核苷酸序列)。芯片上的電極可以驅(qū)動(dòng)該攜帶有負(fù)電荷的DNA納米桿(“switched”),而通過(guò)交叉改變電壓,能夠使得DNA納米桿在電場(chǎng)中產(chǎn)生高頻率的擺動(dòng)。納米桿的運(yùn)動(dòng)軌跡可以通過(guò)電驅(qū)動(dòng)的時(shí)間相關(guān)的單光子計(jì)數(shù)器對(duì)DNA分子上連接的熒光探針信號(hào)檢測(cè)進(jìn)行實(shí)時(shí)的捕獲。記錄的熒光信號(hào)強(qiáng)度與DNA納米桿相對(duì)于芯片表面的位置相關(guān),因?yàn)闊晒馓结樢坏┙咏酒慕饘俦砻妫捎诎l(fā)生能量轉(zhuǎn)移,熒光信號(hào)會(huì)發(fā)生淬滅。
偶聯(lián)在芯片上的DNA,可以通過(guò)與攜帶有配體的互補(bǔ)DNA鏈進(jìn)行雜交,從而實(shí)現(xiàn)芯片的功能化。待測(cè)配體-DNA的偶聯(lián)可通過(guò)共價(jià)偶聯(lián)或芯片表面配體捕獲兩種方式實(shí)現(xiàn)。由于該芯片很容易進(jìn)行再生以及與配對(duì)鏈重新雜交,因此同一張芯片可以實(shí)現(xiàn)多種分子互作檢測(cè)的需求,這也是該技術(shù)可用于多種應(yīng)用的根本原因,比如蛋白-蛋白,蛋白-DNA/RNA互作,小分子結(jié)合篩選,親和性檢測(cè),構(gòu)象檢測(cè),核酸酶活性研究。
分子互作的結(jié)合動(dòng)力學(xué)可以在動(dòng)力模式或靜止模式下進(jìn)行。在動(dòng)力模式下,DNA納米桿可經(jīng)電場(chǎng)驅(qū)動(dòng)產(chǎn)生擺動(dòng),底物分子結(jié)合參數(shù)可經(jīng)DNA擺動(dòng)速率進(jìn)行測(cè)量(動(dòng)力應(yīng)答)。底物分子一旦與配體結(jié)合,DNA納米桿的動(dòng)力摩擦系數(shù)增加,其運(yùn)動(dòng)速率隨之降低(請(qǐng)見(jiàn)Fig. 1)。在擺動(dòng)速率上的變化,可用于評(píng)估動(dòng)力學(xué)變化及親和性參數(shù)(Kon,Koff,Kd)以及蛋白大小(Dh)或配體和復(fù)合物構(gòu)象變化。總的來(lái)說(shuō),動(dòng)力模式可以提供關(guān)于分子結(jié)合動(dòng)力學(xué),蛋白直徑,構(gòu)象改變,熱溶及熱力學(xué)變化,蛋白多聚等;在靜止模式下,DNA在穩(wěn)定的電場(chǎng)中,可保持直立狀態(tài),底物結(jié)合狀態(tài)可通過(guò)熒光距離接近感應(yīng)(FPS)的特性進(jìn)行檢測(cè)。熒光染料分子附近發(fā)生的結(jié)合事件將會(huì)改變?nèi)玖戏肿痈浇幕瘜W(xué)環(huán)境,導(dǎo)致熒光信號(hào)發(fā)生改變。靜止?fàn)顟B(tài)下信號(hào)的捕獲與底物分子的大小無(wú)關(guān),例如小分子結(jié)合動(dòng)力學(xué)檢測(cè)。靜止模式下,可以獲取結(jié)合動(dòng)力學(xué),熱溶和熱動(dòng)力學(xué)方面的信息,但是無(wú)法獲得蛋白直徑,構(gòu)象改變信息。此外,與動(dòng)力模式相比,靜止模式對(duì)于芯片的損耗較小,能夠延長(zhǎng)芯片的壽命。
另外一種檢測(cè)模式被稱為分子尺,基于熒光染料與芯片表面的相對(duì)位置而實(shí)現(xiàn),多數(shù)應(yīng)用于核酸聚合酶活性檢測(cè),以及聚集體/內(nèi)部交聯(lián)檢測(cè)。染料的逐步淬滅能夠指示染料的位置信息以及DNA納米桿的移動(dòng)方向。因此,當(dāng)聚合酶進(jìn)行DNA雙鏈合成時(shí),由于熒光探針逐步遠(yuǎn)離芯片,能夠?qū)崟r(shí)的檢測(cè)到熒光信號(hào)的增強(qiáng)。
為了對(duì)switchSENSE技術(shù)測(cè)量的分子信息進(jìn)行分析和理解,對(duì)于Helix+設(shè)備的專業(yè)了解,生物芯片的質(zhì)量檢測(cè)以及實(shí)驗(yàn)的優(yōu)化和設(shè)計(jì),都非常重要。因此,對(duì)新的儀器使用者提供綜合性的培訓(xùn),是十分必要的。
位于德國(guó)的Dynamic Biosensors公司提供以swithSENSE技術(shù)為基礎(chǔ)的儀器設(shè)備,為具備兩個(gè)LED光源的DRX2,可以激發(fā)紅色和綠色兩種熒光染料。該SOP適用于雙色DRX2設(shè)備,該設(shè)備被稱為heliX®,在2020年上市。
雖然配體分子必須與DNA分子提前進(jìn)行交聯(lián),才能應(yīng)用于switchSENSE技術(shù)檢測(cè),溶液中檢測(cè)的方法不存在特定的樣本制備流程。然而,對(duì)于其他方法,目的樣本需要極高的純度和穩(wěn)定性,為了得到可信的動(dòng)力學(xué)數(shù)據(jù),樣本的存儲(chǔ)濃度需要精確的測(cè)量(例如經(jīng)分光光度法)。
heliX®系統(tǒng)與多種緩沖液兼容。推薦使用10mM的鹽溶液以及40mM的添加的單價(jià)鹽,PH值為中性,范圍可從5到10。推薦在緩沖液中添加表面活性劑(例如Tween)以及使用0.2um過(guò)濾膜進(jìn)行過(guò)濾。當(dāng)在動(dòng)力模式下進(jìn)行測(cè)量時(shí),單價(jià)鹽離子濃度范圍應(yīng)從1到300mM(因?yàn)殡妶?chǎng)需要高的離子強(qiáng)度,促進(jìn)電驅(qū)動(dòng)的DNA納米桿移動(dòng))。熒光測(cè)量可在鹽濃度達(dá)到3M下進(jìn)行以及在包含少量的各種細(xì)胞裂解液或血清的溶液中進(jìn)行(可加入EDTA將核酸酶失活)。
Fig. 1 switchSENCE測(cè)量的不同模式示意圖
配體-DNA交聯(lián)
該部分介紹了兩種將待測(cè)配體固定在芯片表面,使得芯片實(shí)現(xiàn)功能化的方法。配體分子首先通過(guò)共價(jià)連接,儀器純化或者芯片上捕獲的方法與互補(bǔ)配對(duì)的DNA納米桿鏈進(jìn)行交聯(lián)(請(qǐng)見(jiàn)Fig. 2)。通常情況,共價(jià)連接法優(yōu)于親和捕獲的方法,原因在于共價(jià)連接能夠提供更加穩(wěn)定的配體固定狀態(tài),防止在解離過(guò)程中配體的脫落。但是親和捕獲,不需要復(fù)雜的樣本制備,僅需要少量的樣本即可完成捕獲過(guò)程。
Fig. 2 配體與配體鏈共價(jià)偶聯(lián)示意圖
共價(jià)偶聯(lián)
配體蛋白可與單鏈DNA寡核苷酸共價(jià)偶聯(lián),該DNA寡核苷酸可與芯片表面的DNA納米桿進(jìn)行互補(bǔ)配對(duì)。共價(jià)偶聯(lián)需要Dynamic Biosensors GmbH提供商品化試劑盒,按照試劑盒標(biāo)準(zhǔn)流程進(jìn)行操作,提高偶聯(lián)的效率。大多數(shù)的交聯(lián)反應(yīng)是由氨基或硫醇基介導(dǎo),普遍認(rèn)為氨基的偶聯(lián)效率高于硫醇基。如果反應(yīng)體系中的緩沖液包含伯胺(例如Tris為基礎(chǔ)的緩沖液)或硫醇(例如β巰基乙醇),在對(duì)交聯(lián)產(chǎn)物進(jìn)行下一步處理之前,需要進(jìn)行緩沖液替換。對(duì)于等電點(diǎn)小于6的蛋白,提供經(jīng)優(yōu)化的商品化試劑盒,其中包含可供選擇的交聯(lián)緩沖液。如果交聯(lián)過(guò)程需要添加還原劑,推薦使用TCEP(小于1mM)。
交聯(lián)需要的蛋白量推薦為100-200ug,在數(shù)輪的反應(yīng)后,產(chǎn)生攜帶有配體蛋白的互補(bǔ)核酸鏈。在交聯(lián)過(guò)程完成后,通過(guò)AKTA或proFIRE純化系統(tǒng),經(jīng)離子交換層析法去除游離的核酸或過(guò)量的蛋白分子。一次switchSENSE測(cè)量過(guò)程僅需40ul,250nM的配體-核酸交聯(lián)產(chǎn)物。Dynamic Biosensors GmbH為交聯(lián)純化流程提供了完整詳細(xì)的操作步驟。
總結(jié)說(shuō)來(lái),互補(bǔ)配對(duì)的寡核苷酸鏈和含有交聯(lián)連接子的溶液進(jìn)行混合,反應(yīng)完成后,過(guò)量的連接子被除去,接著向反應(yīng)體系中加入待檢測(cè)的配體蛋白。交聯(lián)過(guò)程可在室溫下進(jìn)行1h,也可在4攝氏度的條件下過(guò)夜反應(yīng)。后續(xù)使用AKTA或proFIRE純化系統(tǒng)對(duì)偶聯(lián)產(chǎn)物進(jìn)行純化,即將交聯(lián)產(chǎn)物加入到純化儀器中,并由預(yù)先準(zhǔn)備的不同鹽離子濃度的溶液對(duì)純化柱中的產(chǎn)物進(jìn)行洗脫。收集管可根據(jù)各產(chǎn)物的特性及洗脫時(shí)間的差異收集產(chǎn)物,將目的產(chǎn)物與游離的DNA或蛋白區(qū)分開(kāi)來(lái)。該過(guò)程同時(shí)包含對(duì)配體溶液進(jìn)行質(zhì)量控制的流程。在目的產(chǎn)物被收集管收集后,緩沖液替換成40mM的NaCl溶液,交聯(lián)產(chǎn)物的濃度由物質(zhì)在260nm的吸光值和DNA的消光系數(shù)4,90,000 L mol ?1 cm ?1(48個(gè)核苷酸系列)比值共同決定。產(chǎn)物可分裝后保存在-80攝氏度。
親和捕獲
對(duì)于芯片表面捕獲法,互補(bǔ)配對(duì)鏈可先經(jīng)修飾反應(yīng),加上接頭。Dynamic Biosensors GmbH 公司提供一系列的捕獲方法,比如Tris-NTA, streptavidin, Protein A, Protein G, anti-GFP, anti-GST, biotin, digoxigenin以及 strep-tactin。無(wú)需樣本制備,修飾的DNA鏈經(jīng)互補(bǔ)配對(duì)與芯片雜交,然后通過(guò)接頭捕獲待檢測(cè)的蛋白分子。
switchSENSE生物芯片
heliX®適配芯片具有一個(gè)堅(jiān)固耐用的單玻璃微流控通道,能夠兼容高流速和腐蝕性化學(xué)物質(zhì)。該通道包含兩個(gè)測(cè)量點(diǎn),每個(gè)測(cè)量點(diǎn)都能檢測(cè)紅色和綠色熒光信號(hào),從而能夠?qū)崟r(shí)參考兩個(gè)信號(hào)或同時(shí)多路復(fù)用多達(dá)四個(gè)信號(hào)。該芯片還配備了一個(gè)射頻識(shí)別標(biāo)簽,便于輕松追蹤,記錄其狀態(tài)和使用歷史。請(qǐng)見(jiàn)Fig. 3.
Fig. 3 heliX®適配芯片示意圖
以下是對(duì)芯片的結(jié)構(gòu)介紹:
1. 錨定鏈為48個(gè)寡核苷酸序列,以3'端錨定在芯片表面;
2. 適配體鏈可根據(jù)實(shí)驗(yàn)需求進(jìn)行定制,其范圍從標(biāo)準(zhǔn)的 96 個(gè)核苷酸序列或任何類型的 DNA 和/或 RNA 序列,到復(fù)雜的結(jié)構(gòu),例如用于研究大型分子復(fù)合物構(gòu)象變化的 DNA 折紙結(jié)構(gòu)或用于研究雙特異性分析物的超分子 DNA Y 結(jié)構(gòu)。適配體鏈的下半部分與芯片表面的錨定鏈互補(bǔ)——用于檢測(cè)點(diǎn)的適配體鏈1和用于檢測(cè)點(diǎn)2的適配體鏈2,從而實(shí)現(xiàn)芯片的功能化。在適配體鏈的3'端連接的熒光染料,從多種化學(xué)性質(zhì)各異的染料中選擇,能夠?qū)崿F(xiàn)信號(hào)檢測(cè)。標(biāo)準(zhǔn)的紅色和綠色染料(Ra 和 Ga)經(jīng)過(guò)優(yōu)化,適用于 switchSENSE® 測(cè)量,并且與大多數(shù)實(shí)驗(yàn)設(shè)置兼容,而另外四種染料(Rb、Rc、Gb 和 Gc)可用于根據(jù)不同的化學(xué)性質(zhì)優(yōu)化信號(hào)檢測(cè);
3. 配體鏈?zhǔn)且环N可替換的48個(gè)核苷酸的鏈,它既可以攜帶感興趣的配體,也可以在實(shí)時(shí)實(shí)驗(yàn)中作為不含配體的對(duì)照。感興趣的分子可以通過(guò)上述介紹的共價(jià)偶聯(lián)或標(biāo)簽捕獲法實(shí)現(xiàn)。芯片結(jié)構(gòu)請(qǐng)參考Fig. 4
Fig. 4 芯片檢測(cè)點(diǎn)整體結(jié)構(gòu)示意圖
switchSENSE生物芯片的測(cè)試和操作流程
在開(kāi)始實(shí)驗(yàn)前,必須運(yùn)行 heliX® 適配器芯片測(cè)試,以評(píng)估芯片的質(zhì)量和是否適合實(shí)驗(yàn)。實(shí)驗(yàn)結(jié)束后進(jìn)行芯片測(cè)試,以評(píng)估其狀況并確保正確儲(chǔ)存(以保持DNA雙鏈形式且不附著配體)。為獲得一致且可靠的結(jié)果,應(yīng)在標(biāo)準(zhǔn)化條件下進(jìn)行芯片測(cè)試:在 25°C 的維護(hù)緩沖液(TE40)中,測(cè)試和備用溶液中含預(yù)先雜交的適配鏈1和2以及無(wú)配體鏈。
芯片測(cè)試的工作流程
芯片測(cè)試的工作流程由四個(gè)連續(xù)的步驟組成——(1)再生,(2)鈍化,(3)表面功能化以及(4)狀態(tài)測(cè)量。
1. 再生過(guò)程是通過(guò)使用再生溶液使雙鏈DNA納米桿變性來(lái)實(shí)現(xiàn)的,這樣單鏈DNA錨定鏈仍附著在芯片電極表面;
2. 在鈍化步驟中,芯片表面會(huì)用含硫醇的鈍化溶液進(jìn)行處理。此過(guò)程在芯片表面形成一層自組裝單分子層,可防止非特異性結(jié)合并延長(zhǎng)芯片的使用壽命;
3. 表面功能化為適配體1-Ra-lfs 和適配體2-Ra-lfs 序列,分別與錨定1和錨定2雜交(請(qǐng)見(jiàn)Fig. 5)。
Fig. 5 芯片測(cè)試示意圖
然后,芯片會(huì)在維護(hù)緩沖液(TE40)中接受兩步狀態(tài)測(cè)量,包括電壓校準(zhǔn)和動(dòng)態(tài)響應(yīng)測(cè)量。
電壓校準(zhǔn)提供了關(guān)鍵信息,即有效驅(qū)動(dòng) DNA 納米杠桿所需的最敏感電壓切換范圍。這是通過(guò)施加不同的電壓并在每個(gè)步驟記錄熒光信號(hào)來(lái)實(shí)現(xiàn)的。在足夠負(fù)的電壓下,帶負(fù)電荷的 DNA 納米杠桿完全從表面排斥。隨著電壓向更正值轉(zhuǎn)變,觀察到S型信號(hào)下降,這反映了 DNA 納米杠桿逐漸接近淬滅的金表面。此過(guò)程的關(guān)鍵讀數(shù)是DNA納米杠桿向下運(yùn)動(dòng)的拐點(diǎn)(見(jiàn)下圖IP),該拐點(diǎn)用于選擇后續(xù)動(dòng)態(tài)響應(yīng)測(cè)量的最佳電壓范圍。在對(duì)功能適配器芯片進(jìn)行測(cè)試時(shí),軟件會(huì)在兩個(gè)紅色通道(R1 和 R2)中識(shí)別拐點(diǎn)。拐點(diǎn)應(yīng)在 -50 mV 至 400 mV 的范圍內(nèi)。如果未檢測(cè)到拐點(diǎn),軟件將直接從分析中提供故障排除選項(xiàng)以幫助解決問(wèn)題。
Fig. 6 芯片測(cè)試信號(hào)示意圖
接下來(lái)進(jìn)行動(dòng)態(tài)響應(yīng)測(cè)量,在此過(guò)程中,DNA 納米杠桿在維持緩沖液(TE40)中通過(guò)交替電壓進(jìn)行驅(qū)動(dòng)。比IP更正的電壓會(huì)將 DNA 納米杠桿吸引向淬滅金表面,導(dǎo)致末端連接的熒光團(tuán)發(fā)出的熒光信號(hào)降低。相反,比IP更負(fù)的電壓會(huì)將納米杠桿從表面推開(kāi),從而產(chǎn)生較高的熒光信號(hào)。這些數(shù)據(jù)用于確定兩個(gè)電極的開(kāi)關(guān)幅度(相對(duì)幅度,以百分比表示)。功能正常的適配器芯片的相對(duì)幅度應(yīng)大于 40%(如表 1 所示)。
表1. 功能性 heliX® 適配器芯片的狀態(tài)參數(shù):
在 heliOS軟件中設(shè)置芯片測(cè)試
1. 點(diǎn)擊如Fig. 7所示的圖標(biāo)打開(kāi)分析;
2. 選擇“新建”以創(chuàng)建新的檢測(cè)工作流程;
3. 重命名新的檢測(cè)工作流程(例如,CT ID XXX)并確認(rèn)更改;
提示輸入您的芯片 ID 作為檢測(cè)名稱,以便將您的芯片測(cè)試數(shù)據(jù)與相應(yīng)的芯片關(guān)聯(lián)起來(lái);
4. 點(diǎn)擊軟件圖標(biāo)進(jìn)行保存;
5. 點(diǎn)擊(+)圖標(biāo)添加新的檢測(cè)方法;
Fig. 7 軟件中建立芯片檢測(cè)實(shí)驗(yàn)
6. 轉(zhuǎn)到“檢測(cè)”并選擇“芯片測(cè)試”;
7. 點(diǎn)擊“添加檢測(cè)”以確認(rèn),此時(shí)默認(rèn)的芯片測(cè)試檢測(cè)方法將自動(dòng)打開(kāi);
8. 通過(guò)打開(kāi)“芯片”下拉菜單選擇相應(yīng)的芯片位置(默認(rèn)位置 1)。如果芯片測(cè)試是系列實(shí)驗(yàn)的一部分,且需要不同條件(例如PE140、TE140 等),您還可以選擇不同的運(yùn)行緩沖液。但請(qǐng)注意,芯片測(cè)試始終在維護(hù)緩沖液(TE40)中進(jìn)行;
9. 點(diǎn)擊樣品托盤按鈕(燒瓶圖標(biāo))以預(yù)覽樣品和緩沖液的位置;
10. 彈出樣品托盤,按照軟件提示放置小瓶,即再生溶液置于(1)位,測(cè)試和備用溶液置于(2)位,10毫升去離子水瓶(無(wú)蓋)置于(A)位,10 毫升鈍化溶液瓶(有蓋)置于(B)位;
11. 點(diǎn)擊“運(yùn)行”按鈕,分析啟動(dòng)向?qū)⒋蜷_(kāi)。按照提示順序操作,直到可以點(diǎn)擊“開(kāi)始分析”。
Fig. 8 芯片檢測(cè)中軟件自動(dòng)實(shí)驗(yàn)流程圖
heliOS 中的芯片測(cè)試評(píng)估
heliOS 提供了自動(dòng)的 heliX® 適配器芯片測(cè)試分析功能,旨在快速評(píng)估您的芯片質(zhì)量。要分析芯片測(cè)試的結(jié)果,只需在實(shí)驗(yàn)文件底部選擇“分析”,然后在自動(dòng)分析向?qū)е羞x擇 heliX 適配器芯片測(cè)試作為分析類型即可。
Fig. 9 芯片檢測(cè)結(jié)果軟件分析界面
該分析包含四項(xiàng)自動(dòng)質(zhì)量檢查,用于評(píng)估芯片測(cè)試(請(qǐng)參見(jiàn)下面的示例,其中淺藍(lán)色軌跡代表檢測(cè)點(diǎn)1,深藍(lán)色軌跡代表檢測(cè)點(diǎn)2):
1. 配體注入:這確保了配體注入能產(chǎn)生預(yù)期的熒光增強(qiáng)(上圖)。它還允許通過(guò)熒光振幅隨時(shí)間的變化(下圖)直觀評(píng)估來(lái)自測(cè)試溶液和備用溶液的互補(bǔ)鏈與固定錨點(diǎn)的雜交動(dòng)力學(xué);
2. 拐點(diǎn):這會(huì)驗(yàn)證在電壓校準(zhǔn)期間是否識(shí)別出兩個(gè)點(diǎn)的拐點(diǎn);
3. 相對(duì)振幅:這決定了兩個(gè)點(diǎn)(僅在紅色通道中)的相對(duì)振幅是否超過(guò)功能正常的 heliX® 適配芯片所指定的閾值,如虛線所示;
4. 參數(shù):這確保了可以從嵌入芯片中的射頻識(shí)別標(biāo)簽讀取關(guān)鍵信息(例如:芯片ID、再生次數(shù)和芯片有效期)。
Fig. 10 芯片測(cè)試結(jié)果示意圖
switchSENSE技術(shù)在三元復(fù)合物
及雙特異性抗體檢測(cè)中的獨(dú)特應(yīng)用
由于該技術(shù)基于操控性強(qiáng)的核酸鏈,并具備雙色檢測(cè)系統(tǒng),因此可用于三元復(fù)合物互作檢測(cè),比如PROTAC分子,雙特異性抗體操作,請(qǐng)見(jiàn)以下示意圖:
Fig. 11 三元復(fù)合物檢測(cè)示意圖
通過(guò)Fig. 11可知,可在芯片上設(shè)置“Y”型結(jié)構(gòu),將兩種配體分別與“Y”型兩臂偶聯(lián),將底物分子,比如PROTAC分子,雙特異性抗體等與兩配體進(jìn)行結(jié)合。檢測(cè)的原理為熒光共振能量轉(zhuǎn)移(FRET),如果形成三元復(fù)合物,綠色熒光的能量將會(huì)轉(zhuǎn)移到紅色熒光,紅色熒光被激發(fā)后,經(jīng)檢測(cè)器檢測(cè)到信號(hào)。通過(guò)該種設(shè)計(jì),可以在同一張芯片上,一次實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)中,同時(shí)檢測(cè)二元結(jié)合和三元結(jié)合,并可分析雙抗原之間對(duì)配體結(jié)合親和性的互相影響關(guān)系。
本文介紹了switchSENSE技術(shù)SOP中部分內(nèi)容,旨在幫助研究人員了解該技術(shù)原理,為實(shí)驗(yàn)需求選擇更加適合的技術(shù)。
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